Die ZSO Pratteln ist Teil der "öffentlichen Sicherheit Pratteln". Administrativ wird sie von der Zivilschutzstelle Pratteln bei der Mannschaftsverwaltung oder beim Aufgebotswesen unterstützt. 

Die Zivilschutz-Kompanie (ZS Kp) gliedert sich in das Kommando (Kdt. + 2 Kdt-Stv) und den sechs Fachbereichen: Führungsunterstützung (FU), Kulturgüterschutz (KGS), Logistik (Log), und Planung-Aufwuchs-Schutz (PAS) mit je einem Zug, sowie Unterstützung (Ustü) und Betreuung (Betreu) mit je zwei Zügen. Der Sollbestand beträgt 197 Angehörige des Zivilschutz (AdZS) (Stand 30.01.2013).